После того как файл скрипта будет готов его нужно скопировать в /etc/init.d и добавить в автозагрузку:

update-rc.d <имя_скрипта> defaults

(или insserv <имя_скрипта> для debian 6 stable и выше) Удалить из автозагрузки можно так:

update-rc.d -f <имя_скрипта> remove

(или insserv -r <имя_скрипта> для debian 6 stable и выше)

Будет “из удобств” - добавляется симлинк на скрипт в /etc/rc5.d

Далее также можно использовать команды sysv-rc-conf в debian или service в fedora core, чтобы включить/выключить автозагрузку сервиса.

Записи из /etc/rc.local - запускаются с относительно большой задержкой.